精神分析理论是一个解释性很强的理论，意思是这理论对很多的人理问题都可找到因由，这正是此理论的优点。但使用其辅导方法时，对辅导者的专业知识要求相当高，不论是当中对不同讯息，如梦境、移情、抗拒的分析，或是套取受导者潜意识的技巧等。这使辅导者必须受过长时间训练，这正是其使用时的局限之一。

       另外，很多潜意识的问题不是日常生活可以察看，辅导者往往要把受导者引领至另一境界 (如催眠) 以便更容易窥探受导者的潜意识，这是需要一长时间和安静的环境，这亦不易在学校内实行。

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